L’agriculture suisse est régulièrement pointée du doigt lorsqu’il est question de pesticides dans les cours d’eau. Pourtant, les produits phytosanitaires ne sont pas les seules substances susceptibles d’affecter la qualité des eaux. Entre exigences réglementaires, surveillance environnementale et évolution des pratiques agricoles, la situation mérite d’être examinée dans son ensemble. Quels progrès ont été réalisés en Suisse et quels défis restent à relever?
L’agriculture n’utilise qu’une partie des substances chimiques présentes dans notre environnement
Médicaments, cosmétiques, peintures, détergents, additifs alimentaires ou produits phytosanitaires: les substances chimiques entrent dans la composition de nombreux produits utilisés au quotidien. Elles peuvent atteindre l’environnement par différentes voies, notamment les eaux usées, le ruissellement ou les rejets industriels.
Les produits phytosanitaires représentent une catégorie particulière de ces substances. Ils permettent de protéger les cultures contre les maladies, les ravageurs et les plantes concurrentes. L’agriculture conventionnelle et l’agriculture biologique les utilisent, mais les substances autorisées et les méthodes de protection diffèrent.
En Suisse, les autorités doivent autoriser les produits phytosanitaires avant leur mise sur le marché. Cette procédure évalue notamment leur efficacité, leurs effets sur la santé humaine et les risques qu’ils peuvent présenter pour l’environnement. Les autorisations peuvent être assorties de restrictions d’utilisation, puis réexaminées lorsque de nouvelles connaissances scientifiques apparaissent.
Il est important de distinguer le nombre de substances actives du nombre de produits commerciaux autorisés. Une même substance peut entrer dans la composition de plusieurs préparations.
Des concentrations mesurées à l’échelle du microgramme
La présence de ces phytos – notamment dans l’eau – est très contrôlée. Les analyses effectuées dans les eaux suisses permettent de rechercher des substances à des concentrations extrêmement faibles, parfois de l’ordre du nanogramme par litre.
Pour se représenter ces quantités, 0,1 microgramme par litre (µg/L) correspond à un dix-millionième de gramme par litre. Dans une piscine olympique contenant 2,5 millions de litres d’eau, cela représenterait environ 0,25 g de substance, soit une très petite quantité de sucre.
Cette comparaison illustre la précision des mesures, mais pas l’innocuité d’une substance: certaines peuvent présenter un risque pour les organismes aquatiques même à très faible concentration.
La réglementation suisse ne repose d’ailleurs plus uniquement sur une valeur uniforme de 0,1 µg/L. L’Ordonnance sur la protection des eaux prévoit des exigences de qualité spécifiques pour certaines substances, fondées notamment sur leur toxicité pour les organismes aquatiques. Les valeurs applicables dépendent également du type d’eau et de l’objectif de protection considéré.
La CIPEL assure, avec ses partenaires, un suivi de la qualité des eaux du Léman et de son bassin versant. Les analyses portent sur différentes familles de micropolluants, dont les pesticides et les résidus médicamenteux.
«Aussi peu que possible
C’est le leitmotiv de l’agriculture suisse
mais autant que nécessaire»
pour les traitements phytos.
Les autres micropolluants méritent aussi notre attention
Les résidus de médicaments, les biocides et certains produits industriels peuvent également affecter la qualité des eaux. Il en va de même pour les substances issues des activités domestiques. Ces polluants peuvent atteindre les milieux aquatiques par les stations d’épuration, les réseaux d’évacuation, les rejets industriels ou le ruissellement.
Leur surveillance s’est développée au cours des dernières années. En Suisse, le programme national d’observation de la qualité des eaux de surface (NAWA) et les réseaux cantonaux analysent différentes familles de micropolluants. Les grandes stations d’épuration font également l’objet d’améliorations ciblées pour éliminer davantage de ces substances.
Les produits phytosanitaires ne sont donc pas les seules substances contrôlées. Toutefois, la diversité des polluants présents dans l’environnement complique les comparaisons. Les différences entre les programmes de surveillance rendent également cet exercice difficile.
Pour évaluer la qualité des eaux, il est nécessaire de considérer l’ensemble des sources de pollution, et non uniquement les substances utilisées par l’agriculture.
Mais il y a pourtant bien une pollution agricole dans les cours d’eau?
Oui, les produits phytosanitaires peuvent contribuer à la pollution de certains cours d’eau, en particulier les petits ruisseaux situés à proximité de surfaces agricoles. Les épisodes de pluie après un traitement, le ruissellement et les pertes lors du remplissage ou du nettoyage des pulvérisateurs peuvent notamment favoriser leur transfert vers les eaux.
Les résultats varient cependant fortement selon les milieux étudiés. Les concentrations relevées dans un petit cours d’eau traversant une région de cultures intensives peuvent différer de celles d’un grand lac ou d’un fleuve. Il est donc difficile de les comparer directement.
Les programmes de surveillance ciblent parfois volontairement des bassins versants agricoles afin d’identifier les risques les plus élevés et de mesurer l’efficacité des mesures de protection. Ce choix est pertinent pour étudier les pressions agricoles. Toutefois, les résultats ne doivent pas être présentés comme représentatifs de toutes les eaux suisses.
Des situations différentes selon les cours d’eau
Dans les grands lacs et les fleuves, la dilution et la diversité des apports influencent les concentrations mesurées. Les analyses du Léman, par exemple, doivent être interprétées en tenant compte de son volume considérable, de ses affluents et des différentes sources de micropolluants présentes dans son bassin versant.
L’étude fédérale de 2016 sur le Rhin apporte un éclairage sur la diversité des substances transportées par le fleuve. Elle ne permet toutefois pas de conclure que les produits phytosanitaires représentent systématiquement moins de 1% de la pollution des eaux suisses: tout dépend des substances analysées et de la manière dont la pollution est quantifiée.
De même, comparer directement la concentration d’un médicament à celle d’un pesticide ne suffit pas à établir lequel est le plus dangereux. Les effets écotoxicologiques varient selon les substances.
Le Léman fait l’objet d’une surveillance régulière par la CIPEL. Les résultats montrent l’intérêt de poursuivre le suivi des pesticides, des résidus médicamenteux et d’autres micropolluants, y compris lorsque leurs concentrations sont faibles.
Les microplastiques, une autre source de pollution
La pollution des eaux ne se limite pas aux substances dissoutes. Les microplastiques constituent un autre défi environnemental. L’usure des pneus, les textiles synthétiques, les déchets plastiques et certaines activités industrielles ou domestiques peuvent contribuer à leur dispersion.
L’Association pour la sauvegarde du Léman sensibilise notamment à la présence de microplastiques dans le lac. Les particules issues de l’usure des pneus représentent une source importante de pollution plastique dans l’environnement.
Ces différentes pollutions doivent être prises en compte pour comprendre l’état des eaux et identifier les mesures les plus efficaces. La protection des milieux aquatiques est une responsabilité collective. Elle concerne l’agriculture, mais aussi les ménages, les transports, les industries et les collectivités publiques.
Des substances anciennes encore présentes
Beaucoup de phytos détectés ne sont plus utilisés de nos jours. Au siècle passé, on ne s’inquiétait en effet pas encore de la durée de vie des produits et ceux-ci se retrouvent hélas encore aujourd’hui dans les eaux, sols et sédiments.
Certaines substances interdites depuis plusieurs années, ou leurs produits de dégradation, peuvent persister durablement dans l’environnement. C’est notamment le cas de certains métabolites de pesticides détectés dans les eaux souterraines. Leur présence ne signifie donc pas nécessairement que les substances concernées sont encore utilisées aujourd’hui.
Les connaissances scientifiques ont considérablement progressé depuis l’autorisation des premiers produits phytosanitaires. Les procédures d’autorisation évaluent désormais leur comportement dans les sols, leur persistance et leur mobilité. Elles prennent également en compte leurs effets sur les organismes non ciblés.
Il serait néanmoins excessif d’affirmer que tous les produits modernes se dégradent rapidement ou ne présentent aucun risque. Les caractéristiques varient selon les substances et les conditions d’utilisation. Les évaluations et les restrictions visent précisément à limiter ces risques.
L’agriculture suisse renforce ses mesures de protection des eaux
Tant en agriculture qu’en élevage, la Suisse applique un cadre réglementaire exigeant. Ce cadre associe autorisation des produits, restrictions d’utilisation, contrôles et mesures de prévention. La protection des eaux fait partie intégrante des exigences imposées aux exploitations agricoles.
La production alimentaire suisse repose sur des normes de qualité et de sécurité. Les produits phytosanitaires contribuent à protéger les récoltes contre les maladies et les ravageurs, mais leur utilisation doit être maîtrisée afin de limiter les risques pour la santé et l’environnement.
«Aussi peu que possible, mais autant que nécessaire» est le leitmotiv de l’agriculture suisse pour les traitements phytosanitaires. Ce principe se traduit notamment par la protection intégrée des cultures. Celle-ci privilégie les mesures préventives et les méthodes non chimiques lorsqu’il est possible de maîtriser suffisamment les organismes nuisibles.
Un objectif national: réduire les risques de 50%
En 2017, le Conseil fédéral a adopté un plan d’action visant à la réduction des risques et à l’utilisation durable des produits phytosanitaires. Celui-ci comprend 51 mesures, destinées notamment à protéger les eaux, les organismes non ciblés et les habitats naturels.
La Suisse s’est également fixé un objectif légal: réduire de 50%, d’ici 2027, les risques liés aux produits phytosanitaires pour les eaux de surface et les habitats proches de l’état naturel, ainsi que les atteintes aux eaux souterraines, par rapport à la moyenne des années 2012 à 2015. Les résultats des indicateurs fédéraux montrent des progrès encourageants.
Plus de 50% de réduction
Du risque calculé de contamination par les métabolites de produits phytosanitaires pour la période 2020–2024, par rapport à 2012–2015. Office fédéral de l’agriculture (OFAG)
Cette diminution est notamment liée au retrait de certaines substances, dont le chlorothalonil et le chloridazon, ainsi qu’aux nouvelles restrictions introduites dans le cadre des prestations écologiques requises (PER).
Les indicateurs montrent également une tendance à la baisse des risques pour les eaux de surface et les habitats proches de l’état naturel. Ces progrès sont importants, même si les objectifs ne sont pas encore atteints dans tous les domaines.
L’amélioration de la qualité des eaux souterraines peut prendre du temps, car l’eau circule parfois pendant plusieurs années, voire plusieurs décennies, dans le sous-sol. Les effets des mesures actuelles ne sont donc pas toujours immédiatement visibles dans les analyses.
Des mesures concrètes dans les exploitations
La réduction des risques repose aussi sur des pratiques directement mises en œuvre par les agricultrices et agriculteurs. Plusieurs solutions permettent de limiter l’utilisation des produits phytosanitaires ou d’éviter leur transfert vers les eaux:
- La rotation des cultures, qui contribue à limiter le développement de certaines maladies et de certains ravageurs.
- Le désherbage mécanique, qui peut remplacer ou compléter les traitements herbicides selon les cultures.
- La lutte biologique et les auxiliaires des cultures, qui permettent de réguler certains organismes nuisibles.
- Les bandes tampons et les distances de sécurité, qui réduisent les risques de dérive et de ruissellement vers les cours d’eau.
- Les équipements de pulvérisation plus précis, qui contribuent à mieux cibler les traitements.
- Les places de lavage et de remplissage adaptées, ainsi que les systèmes de traitement des effluents, qui limitent les contaminations ponctuelles.
Ces mesures témoignent de l’évolution des pratiques agricoles. Les exploitations cherchent à concilier la protection des récoltes, la qualité des denrées alimentaires et la préservation de l’environnement.
Les produits phytosanitaires restent utiles pour certaines cultures, notamment lorsque les méthodes préventives ou non chimiques ne suffisent pas. L’objectif n’est donc pas uniquement de réduire les quantités utilisées, mais surtout de diminuer les risques associés aux substances et à leurs conditions d’application.
Des résultats encourageants, mais une vigilance nécessaire
Les progrès réalisés ne signifient pas que les problèmes de pollution ont disparu. Selon les indicateurs de l’Office fédéral de l’environnement (OFEV), les valeurs limites écotoxicologiques applicables aux pesticides sont encore dépassées dans près de 60% des cours d’eau étudiés par le réseau national de surveillance concerné. Les petits et moyens cours d’eau du Plateau sont particulièrement exposés.
Les médicaments constituent également une source de pollution: les valeurs limites applicables aux trois substances médicamenteuses réglementées sont dépassées dans près de 40% des cours d’eau étudiés.
Ces chiffres montrent l’importance de poursuivre les efforts, tant dans le secteur agricole que dans les autres activités qui contribuent aux apports de micropolluants. Ils ne signifient pas que 60% de tous les cours d’eau suisses sont pollués au même degré.
Les résultats du Léman offrent par ailleurs un exemple encourageant. Dans son rapport scientifique publié en 2025, la CIPEL indique que 27 pesticides et métabolites ont été détectés au centre du lac lors de la campagne 2024, sans dépassement des normes légales ni des critères écotoxicologiques applicables.
Le même suivi a également identifié 21 résidus médicamenteux dans le Léman. Ces résultats rappellent que la surveillance doit porter sur plusieurs catégories de substances et que les situations diffèrent fortement entre un grand lac et un petit cours d’eau agricole.
La protection des eaux reste ainsi un travail collectif et de longue haleine. Les progrès des exploitations agricoles, l’évolution des autorisations, la recherche et les programmes de surveillance contribuent ensemble à améliorer les pratiques et à préserver les ressources naturelles.
Une agriculture qui évolue pour préserver les ressources
L’agriculture suisse a engagé des changements importants dans l’utilisation des produits phytosanitaires. Les nouvelles exigences réglementaires, le développement de la protection intégrée et les investissements réalisés dans les exploitations témoignent d’une volonté de réduire les risques tout en maintenant une production alimentaire de qualité.
Les résultats des indicateurs fédéraux montrent que ces efforts portent déjà leurs fruits, notamment pour les risques de contamination des eaux souterraines. Il reste toutefois nécessaire de poursuivre les mesures dans les régions et les milieux aquatiques les plus sensibles.
La qualité des eaux ne dépend pas uniquement de l’agriculture. Les médicaments, les produits industriels, les biocides et les pollutions liées aux transports ou aux activités domestiques doivent également être pris en compte.
Valoriser les progrès agricoles et reconnaître les défis encore présents ne sont pas deux démarches contradictoires. C’est au contraire en s’appuyant sur des données scientifiques, des contrôles et des solutions concrètes que l’agriculture suisse peut continuer à protéger les cultures tout en préservant les eaux.
On en parle avec un spécialiste du sujet, c’est notre podcast Agricast – épisode 02!
La vidéo est disponible en format court en cliquant ici!
Viticulteur et arboriculteur en Valais, Richard Pellissier connaît bien tout ce qui tourne autour de l’usage de produits phytosanitaires, ceux autorisés en bio y compris. Dans cet entretien avec Grégoire Nappey, ancien responsable de la communication de Prométerre, chambre d’agriculture du canton de Vaud, il replace ces questions dans leur contexte et remet les enjeux à leur juste échelle.
